Die lokalen und regionalen Energie- und Klimaschutzagenturen in Deutschland ziehen zwar thematisch alle an einem Strang, weisen aber große Unterschiede in ihrer Organisationsform, Trägerschaft und Art der Finanzierung auf.

Viele der eaD-Mitglieder sind privatwirtschaftlich als GmbH oder gGmbH organisiert. So zum Beispiel die ZukunftsAgentur Brandenburg oder die KliBa in Heidelberg. Andere haben den Status eines Vereins (u. a. die Energieagenturen Mittel- und Oberfranken), wieder andere sind an eine öffentliche Institution angegliedert. Die Energieagentur Schleswig-Holstein etwa ist Teil der landeseigenen Investitionsbank.

Typische Träger oder Gesellschafter von regionalen Energie- und Klimaschutzagenturen sind staatliche Institutionen, Energieversorgungsunternehmen, Banken, Handwerkskammern sowie Industrie- und Handelskammern.

Vor allem der Grad der Beteiligung der öffentlichen Hand variiert: Die EnergieAgentur.NRW ist zu 100 Prozent im Besitz des Landes Nordrhein-Westfalen und wird über den Landeshaushalt finanziert. Anders sieht es zum Beispiel bei der Berliner Energieagentur aus: Dort ist das Land Berlin zwar als Gesellschafter mit 25 Prozent beteiligt. Öffentliche Zuwendungen bekommt die privatwirtschaftlich organisierte Berliner Energieagentur jedoch nicht.